L’origine de l’église paroissiale de Saint-Nicolas remonte à la fondation de la ville (traditionnellement fixée en 1157). On ne sait toutefois rien de cette première église avant la construction de l’édifice actuel (1283-1490).

L’église paroissiale de Saint-Nicolas fut érigée au rang de collégiale en 1512 par le pape Jules II, décision confirmée par son successeur Léon X. La rivalité avec Berne, la puissante voisine, motiva les autorités fribourgeoises à soutenir cette promotion. La hauteur de la tour (achevée en 1490) fut l’un des arguments avancés par l’humaniste et avoyer Peter Falck (1468-1519) auprès du souverain pontife. À l’échelle européenne, cette décision intervint dans le contexte des guerres d’Italie, où Rome cherchait activement le soutien militaire des cantons suisses via l’évêque de Sion et cardinal Matthieu Schiner. Le Chapitre de chanoines créé à cette occasion joua un rôle important dans la mise en place du système éducatif et dans l’établissement à Fribourg des Jésuites, piliers de la Contre-Réforme.

Exilé depuis 1536, l’évêque de Lausanne séjournait en Savoie, en France ou à Soleure. Du XVI^e au XIX^e siècle, plusieurs tentatives de transfert du siège diocésain à Fribourg échouèrent. En 1614, une convention fut signée entre Rome et les autorités fribourgeoises. Elle permit l’installation d’un évêque à Fribourg, sans que ce dernier n’y « possède » une cathédrale. Celui-ci n’y résida définitivement qu’à partir de 1663, avec l’accès de patriciens fribourgeois au siège épiscopal. Et c’est en 1814 seulement que l’évêque put acquérir une résidence à la rue de Lausanne. À la suite de l’entrée de Genève dans la Confédération (1815), la juridiction de l’évêque s’étendit sur ce canton et le diocèse devint celui de Lausanne et Genève (1819). À Fribourg, des conflits territoriaux et de juridiction empoisonnèrent longtemps les relations de l’évêque avec la Ville-État, puis avec le canton et le Chapitre. Le manque d’appui des autres cantons diocésains fut également en cause par la suite.

Par la bulle papale Sollicitudo omnium ecclesiarum du 17 octobre 1924, la collégiale Saint-Nicolas est enfin élevée au rang de cathédrale. Fribourg devient le siège du diocèse et Mgr Marius Besson (1876-1945) le premier à porter le titre d’évêque de Lausanne, Genève et Fribourg (LGF). La paroisse subsiste mais le Chapitre collégial devient cathédral. Les chanoines perdent alors une certaine autonomie de fonctionnement et rentrent dans la juridiction ordinaire de l’évêque.

Der Ursprung der Kirche St. Nikolaus geht auf die Gründung der Stadt zurück (üblicherweise auf das Jahr 1157 datiert). Über diese erste Kirche ist nichts bekannt. Der Bau des heutigen Gebäudes erstreckte sich über 200 Jahre (1283-1490).

Die Pfarrkirche St. Nikolaus wurde 1512 von Papst Julius II. zur Stiftskirche erhoben, eine Entscheidung, die von seinem Nachfolger Leo X. bestätigt wurde. Die Rivalität mit dem mächtigen Nachbarn Bern erhöhte die Motivation der Freiburger Behörden, diese Aufwertung zu unterstützen. Als Argument legte der Humanist und Schultheiss Peter Falck (1468-1519) gegenüber dem Pontifex die Höhe des Turms (1490 fertiggestellt) dar. Auf europäischer Ebene erfolgte dieser Aufstieg vor dem Hintergrund der Italienischen Kriege, in denen Rom über den Bischof von Sitten und Kardinal Matthieu Schiner aktiv die militärische Unterstützung der Schweizer Kantone suchte. Das zu diesem Anlass gegründete Chorherrenstift spielte eine wichtige Rolle beim Aufbau des Bildungssystems und der Ansiedlung der Jesuiten, die Schlüsselfiguren der Gegenreformation in Freiburg.

Der Bischof von Lausanne befand sich seit 1536 im Exil und verweilte in Savoyen, Frankreich oder Solothurn. Vom 16. bis ins 19. Jahrhundert scheiterten mehrere Versuche, den Sitz der Diözese nach Freiburg zu verlegen. Im Jahr 1614 wurde ein Abkommen zwischen Rom und den Freiburger Behörden unterzeichnet. Dieses ermöglichte die Einsetzung eines Bischofs in Freiburg, jedoch verfügte dieser über keine Kathedrale. Ab 1663 residierte der Bischof endgültig in Freiburg, zum Zeitpunkt als Freiburger Patrizier zu Bischöfen ernannt wurden. Erst 1814 konnte jedoch der Bischof eine Residenz in der Lausannegasse erwerben. Nach dem Beitritt Genfs zur Eidgenossenschaft (1815) dehnte sich die Jurisdiktion des Bischofs auch auf diesen Kanton aus und die Diözese wurde zur Diözese Lausanne und Genf (1819). Territorial- und Rechtstreitigkeiten vergifteten lange Zeit die Beziehungen des Bischofs zum Stadtstaat und später zum Kanton und zum Chorherrenstift. Später war auch die mangelnde Unterstützung anderer Diözesankantone ein Thema.

Mit der päpstlichen Bulle "Sollicitudo omnium ecclesiarum" vom 17. Oktober 1924 wurde die Stiftskirche St. Nikolaus schliesslich zur Kathedrale erhoben. Freiburg wird zum Sitz der Diözese und Bischof Marius Besson (1876-1945) zum ersten, der den Titel Bischof von Lausanne, Genf und Freiburg (LGF) trägt. Die Pfarrei bleibt bestehen, aber das Stiftskapitel wird zum Domkapitel. Die Chorherren verlieren eine gewisse Unabhängigkeit und sind nunmehr der Gerichtsbarkeit des Bischofs unterstellt.