Sans doute érigée peu après la fondation de la ville de Fribourg en 1157 et vraisemblablement achevée en 1201
comme l'indique une inscription en haut de l'abside, l'église romane a été liée durant de nombreux siècles à l'hôpital
qui lui faisait face. De nombreuses familles patriciennes et abbayes de la ville y établirent des autels. De grands
travaux s'y déroulèrent au tournant des XVe et XVIe siècles : rehaussement du sol, construction de la flèche et du
chevet porté à la hauteur de la nef, transformation des fenêtres romanes en gothiques.
En 1710, on consacra trois nouveaux autels dont le maître-autel, dédié à l'Immaculée Conception. Une
restauration fut entreprise en 1785, qui donna à l'église Notre-Dame l'aspect général qu'il présente encore
de nos jours. Au XIXe siècle fut supprimé le cimetière longeant le collatéral nord et la flèche fut transformée
en bulbe. Plusieurs restaurations furent entreprises au XXe siècle, jusqu'à la dernière (encore en cours),
qui a permis l'inauguration des lieux le 4 septembre 2011, après une fermeture de dix-huit mois.
Les membres du clergé de l'église Notre-Dame prirent le titre de chanoines en 1630 et le sanctuaire fut dès lors
appelé collégiale. Agrégée à la basilique de Saint-Jean de Latran à Rome en 1728, l'église reçut du pape Pie XI
le titre de basilique mineure en 1932, comme en témoigne une peinture située au-dessus de la porte latérale.
Plusieurs confréries et congrégations se sont développées au cours des siècles, dont la congrégation mariale
fondée par saint Pierre Canisius en 1582. Les insignes de la basilique, le pavillon et le tintinnabule, autrefois
portés en procession, sont présentés ci-dessous.